實踐中，關于商業秘密侵權行為的認定主要有兩種：

一、行政認定

國家工商行政管理局關于禁止侵犯商業秘密行為的若干規定第5條第3款規定，權利人能證明被申請人所使用的信息與自己的商業秘密具有一致性或者相同性，同時能證明被申請人有獲取其商業秘密的條件，而被申請人不能提供或者拒不提供其所使用的信息是合法獲得或者使用的證據的，工商行政管理機關可以根據證據認定被申請人有侵權行為。

二、司法認定

商業秘密權利人主張他人侵權時不僅要證明對方實施了獲取、披露或使用涉訟信息行為，而且要證明該信息來源于自己，如果直接證明信息來源于原告，從實踐和證據的角度來看都是非常困難的。為平衡雙方的利益關系，司法實踐中一般以推定的方式認定：由原告證明雙方信息相同以及被告接觸原告信息可能的事實，推定被告信息來源于原告，除非被告證明自己信息另有來源。這種推定一般被簡稱為“相同+接觸-合理來源”的認定方式。接觸，一般指接觸的可能，在有員工跳槽的條件下，只要員工有接觸的可能性即推定為信息來源于原告，而接觸的內容為原告訴請保護的秘密;合理來源包括公知信息、自行開發、反向工程所得、受讓以及不知他人獲取、披露非法而使用等，這些均構成被控侵權人的法定抗辯理由。