公司繳納社保的方式為：開通社保賬戶，在成立之日起三十日內去社保局辦理社保開戶，社保開戶后會領取《社保登記證》。之后確認代繳基數，在與銀行、第三方代繳機構簽訂了代繳協議的情況下，社保費用會每月直接從賬戶扣除。也可以在電子稅務局進行繳納。

法律依據：

《《中華人民共和國社會保險法》》第十條

職工應當參加基本養老保險，由用人單位和職工共同繳納基本養老保險費。無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加基本養老保險的非全日制從業人員以及其他靈活就業人員可以參加基本養老保險，由個人繳納基本養老保險費。公務員和參照公務員法管理的工作人員養老保險的辦法由國務院規定。

《《中華人民共和國社會保險法》》第二十三條

職工應當參加職工基本醫療保險，由用人單位和職工按照國家規定共同繳納基本醫療保險費。無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員以及其他靈活就業人員可以參加職工基本醫療保險，由個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。